In der Gründungsphase wird die Medizinische Universität durch den Gründungsvorstand geleitet.
Er besteht aus dem Vorstand Krankenversorgung, dem Gründungsvorstand Wissenschaft, dem Kaufmännischen Vorstand, dem Digitalisierungsvorstand und dem Pflegevorstand. Zusätzlich hat der Übergangsaufsichtsrat bestimmt, dass der Gründungsvorstand durch ein weiteres Mitglied unterstützt wird – den Gründungsvorstand Universitärer Strukturaufbau.
Der Gründungsvorstand wurde nach öffentlicher Ausschreibung auf der Grundlage des Votums einer Findungskommission vom Übergangsaufsichtsrat eingesetzt. Der Vorsitz des Gründungsvorstandes liegt beim Vorstand Krankenversorgung.
Die Vorstandsmitglieder sind hauptamtlich tätig. Ihre Befugnisse werden im Universitätsmedizingesetz des Landes Brandenburg geregelt. Neben der operativen Führungsverantwortung für die Medizinische Universität zählen zu den Aufgaben des Gründungsvorstandes unter anderem die Aufstellung der Struktur- und Entwicklungsplanung, der Hochschulklinikplanung und des Wirtschaftsplans.
